Pokud hraješ sám, tak tohle nemusíš moc řešit. Obvykle je to proto, že když hrajou dvě kytary dohromady, tak by znělo poněkud nudně, kdyby obě hrály přesně to samé stejným způsobem. Nebo, pokud se snažíš, aby akordy kopírovaly melodii nebo naznačovaly určitou náladu nebo napětí, tak si je podle toho vybereš. Třeba akord E dur se dá zahrát na otevřených strunách, jako barré na 7. pražci nebo jako barré na 12 pražci a pokaždé to je E, ale zní trochu jinak.
A jak se k tomu dopracovat? Snadno.

Tedy teoreticky, v praxi ti to zabere hodně času.

Pro začátek je asi nejsnazší používat barré akordy. Ve zkratce, naučíš se napřed základní otevřené akordy E dur, E mol, A dur, A mol. Potom si zapamatuješ, kde leží který tón na strunách E a A. Pak zjistíš, že například akord E dur posunutý o jeden pražec výš je F dur. E dur posunutý o 3 pražce výš je G dur. O pět pražců je to A dur. atd...
viz třeba
http://www.guitarchordsmagic.com/basic- ... hords.html
Časem ti to přestaneš stačit, naučíš se polohy všech tónů na krku kytary, nějakou tu hudební teorii o tom, jak se akordy skládájí z jednotlivých tónů a potom to teprve bude něco.

Pak už budeš schopen hrát akordy v jakékoliv poloze.